Decyzję o założeniu domu klasztornego na ziemi oświęcimskiej podjęła w 1986 roku Kapituła Prowincji św. Antoniego i bł. Jakuba Strzemię Zakonu Braci Mniejszych Konwentualnych (Franciszkanów) i jej ówczesny prowincjał o. Feliks Stasica. Ideę tę poparł zarówno kard. Franciszek Macharski, jak i generał zakonu o. Lanfranco Serrini. Po ustaleniach z Kurią Metropolitalną w Krakowie, pracę duszpasterską w parafii Brzezinka od jesieni 1987 roku podjęło i prowadziło przez dwa lata, razem z tamtejszym proboszczem dwóch franciszkanów.
W lipcu 1987 roku Prowincja kupiła w Harmężach działkę (1,25 ha), na której znajdował się wówczas jedynie mały drewniany domek. Później teren ten powiększono, kupując sąsiednie działki oraz w 1989 roku murowany dom mieszkalny, usytuowany po przeciwnej stronie obecnej posesji.
Uchwałę o budowie w Harmężach domu zakonnego i urządzenia w nim Centrum św. Maksymiliana powzięła Kapituła Prowincjalna w roku 1989. Po przeprowadzeniu koniecznych adaptacji w domu murowanym, we wrześniu 1989 r. zamieszkało w nim trzech franciszkanów. Natomiast drewniany dom przerobiono na prowizoryczną kaplicę, która 10 listopada 1989 roku została poświęcona przez bpa Kazimierza Górnego. 17 lutego 1990 roku w Harmężach został erygowany klasztor pod wezwaniem Niepokalanego Poczęcia NMP, a w sierpniu tego samego roku poświęcono krzyż i plac pod budowę kościoła. W dniu 12 października 1990 roku kard. F. Macharski wydał dekret o erygowaniu z dniem 20 października 1990 roku parafii pod wezwaniem Matki Bożej Niepokalanej w Harmężach i powierzenia na stałe Zakonowi Franciszkanów.
Prace przy budowie dwupoziomowego kościoła rozpoczęto 3 września 1990 roku i doprowadzono do stanu, który umożliwił na Boże Narodzenie 1990 roku odprawienie Pasterki.
27 listopada 1990 roku klasztor w Niepokalanowie ofiarował klasztorowi w Harmężach figurkę Matki Bożej Niepokalanej, wykonaną przez rzeźbiarza z Poronina – Bolesława Kupca, który jako więzień obozu Auschwitz (nr 792) ofiarował ją ks. Władysławowi Grohsowi, ówczesnemu wikaremu parafii Wniebowzięcia NMP w Oświęcimiu. Figurkę tę po śmierci ks. Grohsa (w Wieliczce) przekazano do Niepokalanowa.
28 maja 1993 r. ordynariusz nowoutworzonej Diecezji Bielsko-Żywieckiej, bp Tadeusz Rakoczy, poświęcił w obecności generała Zakonu o. Lanfranco Serriniego kościół w Harmężach. Latem roku następnego rozpoczęto budowę podziemi klasztoru. W 1995 roku doszło do porozumienia i podpisania umowy z Instytutem Świeckim Misjonarek Niepokalanej Ojca Kolbego o budowie w Harmężach przez ten Instytut Domu Pielgrzyma. Nieco później Instytut Misjonarek zakupił w Brzezince dom, w którym zamieszkały trzy Misjonarki.
8 października 1995 roku były więzień obozu KL Auschwitz Marian Kołodziej z Gdańska (nr 432), twórca wystawy “Klisze pamięci. Labirynty” zgłosił gotowość umieszczenia jej na stałe w Harmężach.
